К сожалению, это ПИТА! Я сомневаюсь, что ваше утверждение #if сработает (я оставляю за собой право быть доказанным неправильно), поскольку каждая зависимость должна быть ссылкой в разделе ссылок. Я обошел его, отредактировав файл msbuild (.csproj) каждого проекта и создав условную ItemGroup, в которой есть ссылки на соответствующую платформу.
<ItemGroup Condition="'$(Platform)' == 'x86'">
<Reference Include="System" />
<Reference Include="System.Data" />
<Reference Include="System.Xml" />
</ItemGroup>