На моей копии GNU Emacs 24.2.1, настройка:
(setq-default indent-tabs-mode nil)
в .emacs недостаточно для режима javascript, предположительно, потому что настройка каким-то образом переопределяется в контексте каждого буфера. Следующего изменения достаточно:
(custom-set-variables
;; custom-set-variables was added by Custom.
;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
;; Your init file should contain only one such instance.
;; If there is more than one, they won't work right.
'(indent-tabs-mode nil))