Вам необходимо определить этот класс как службу, а затем передать диспетчер сущностей в качестве аргумента (либо внутри конструктора, либо через установщик).
Для получения дополнительной информации ознакомьтесь с Документация контейнера службы .
Примерно так:
services:
my_hello_class:
class: Acme\HelloBundle\HelloClass
arguments: ["@doctrine.orm.entity_manager"]
И тогда класс будет выглядеть так:
// ....
class HelloClass
{
private $em;
public function __construct(\Doctrine\ORM\EntityManager $em)
{
$this->em = $em;
// ....
}
}