В основном вам нужен клиент WinInet FTP, который является Win32 API для такого рода вещей. Вы можете сделать все это прямо C.
Здесь приличная запись:
http://www.teksoftco.com/articles/ftp%20client.htm
но суть в том, что вы используете InternetOpen / InternetConnect для получения соединения, затем используете FtpOpenFile / FtpGetFile / FtpPutFile и т. Д. Существуют FtpFindFirstFile / NextFile для перечисления каталогов и другие методы для опроса текущего каталога, удаления файлов и т. Д.