Я пытался TRUNCATE RTINDEX ...
без удачи.Самым простым способом, который я нашел, было изменение конфигурации индекса path
.Например:
index myindex
{
type = rt
path = /var/lib/sphinxsearch/data/myindex
...
до
index myindex
{
type = rt
path = /var/lib/sphinxsearch/data/myindex-v2
...