Вы можете попробовать использовать события клавиатуры. Итак, когда всплывает окно:
Нажмите на кнопку «ОК».
driver.Keyboard.PressKey(Keys.Tab);
Вам придется поиграть, чтобы узнать, сколько нажатий на вкладки требуется.
Затем нажмите пробел.
driver.Keyboard.PressKey(Keys.Space);
Да, это своего рода хак, но WebDriver все еще довольно незрелый.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Это будет работать для «настоящих» всплывающих окон, но, как сказал другой ответчик, возможно, не для странных вещей на странице. По сути, если вы можете вручную перейти к кнопке закрытия, этот метод должен сработать.