Какой самообновляющийся фреймворк вы используете?
Одна из первоначальных целей ClickOnce - это безболезненный метод установки. Установка немного больше, чем XCOPY, и практически гарантированно не запутается с остальной системой. Это одна из причин, по которой MS выбрала AppData вместо Program Files. Гораздо менее вероятно, что вы повредите всю систему, если будете записывать файлы только в AppData.
Если ваша пользовательская структура хочет быть самообновляющейся, а также иметь одного пользователя, установка с низким уровнем воздействия, AppData не может быть плохим выбором. На самом деле все, что находится в каталоге Users, является лучшим местом, чем Program Files.