Поместите ваши пиксельные координаты в массив вершин и нарисуйте его с помощью GL_POINTS.
См. http://gorillas.lyndir.com/trac/browser/Classes/SkyLayer.m ( Гориллы код)
[править]
Это решение полезно только если вы рисуете точки на экране. Когда я его опубликовал, я понятия не имел, что такое glDrawPixels (), и предполагал, что рисование точек - это вопрос.
Не используйте это для рисования данных произвольных пикселей ...