Вы можете проверить, не является ли запрашиваемый ресурс файлом / каталогом, и только потом переписать. Например:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) /seoparser.php?$1 [QSA,L]
В зависимости от обстоятельств (какая логика перезаписи у вас есть / должна быть реализована), это может быть гораздо лучшим решением, чем упомянуто @inti. Вы увидите такую комбинацию правил, используемых во многих реальных приложениях (например, WordPress, Magento) и PHP-фреймворках (в большинстве случаев они будут иметь только внутреннюю логику маршрутизации).
Это немного другой подход (в основном с организационной точки зрения):
RewriteEngine On
# Do not do anything for already existing files
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule .+ - [L]
# Your rewrite rules (file/folder does not exist, we may need to route it elsewhere)
RewriteRule (.*) /seoparser.php?$1 [QSA,L]