Я думаю, что есть два решения, вы должны подумать о дизайне вашего приложения.
Вы уверены, что вам нужно два пакета?Если связь между ними так сильна, почему вы не решили сделать только один пакет?В этом случае вам просто нужно сгенерировать сущности в этом пакете.
Другой случай: вам фактически нужны два пакета, но в этом конкретном приложении вам нужно создать связь между ними.В этом случае, я думаю, вы должны сгенерировать сущности в пакете, к которому он принадлежит, и, если вам нужно, вы можете использовать их в другом пакете (спасибо use MyApp\MyBundle\Entities\...;
).При использовании Symfony вы должны мыслить с точки зрения общего кода, чтобы иметь возможность повторно использовать ваши пакеты в других проектах.;)