Самый простой способ (если вы используете версию Emacs с графическим интерфейсом), это выбрать
Options->Customize Emacs->Specific Option
и введите команду python-python-command и укажите путь к нужному вам питону. Тогда сохраните для будущих сессий, и вы должны быть хорошими.
Я действительно не уверен, почему он не будет соблюдать переменную пути. По умолчанию должно быть просто «python» (без пути). Может быть, вы уже установили это, или вы изменяете путь команды в вашем .emacs? Вы можете заглянуть в ~ / .emacs и посмотреть, делаете ли вы что-либо из этого.