JMF - это, если можно так выразиться, самым хорошим способом, скорее устаревшим, необслуживаемым, трудным для распространения, и, по моему опыту, содержит немало досадных ошибок, которые возникают там, где вы меньше всего их ожидаете. И если вы можете заставить FMJ работать вообще, удачи - они гордятся тем, что он актуален, отказываются от замены, но мой опыт требует различий по обоим пунктам.
Лично я бы даже не стал это рассматривать - просто используйте отдельные библиотеки для каждого формата или группы форматов, которые вы хотите поддерживать. JLayer было бы неплохо для начала, так как он может сделать немало, JFlac сделает ваши файлы flac поверх этого.