Все эти предложения, конечно, ваш выбор. Но когда я что-то разрабатываю, я использую, чтобы отделить логический слой от «видимых» слоев и классов. Я имею в виду, что я использую разные пакеты для
a) Activites
b) Classes or Objects
c) Interface classes
d) Database classes
e) Interaction with Database
Я также создаю разные пакеты для всех них, чтобы вы могли лучше их организовать. Но это всегда ваш выбор.
А с вашим макетом ... Я не знаю, сможете ли вы лучше организовать макет. Когда вы генерируете свой проект, если видите, в папке gen есть класс R.java. Этот класс автоматически обнаруживает папки, такие как макет, рисование, сырье ... Но я не уверен, что вы можете создать внутри него подпапки.