Я сталкивался с этой проблемой несколько раз. Каждый раз это было связано со сборкой, происходящей в NTFS или сетевой файловой системе. Перемещение каталога сборки в соответствующую Unix FS (например, ext3 / 4) устранило проблему.
Мы не сможем вам больше помочь, если вы не предоставите дополнительную информацию, такую как платформа, язык программирования и, возможно, пример кода, который воспроизводит эту проблему в вашей системе.