Вам нужен git на Windows, установленный для начала. Затем вы можете настроить общий каталог, который могут использовать как Linux, так и Windows. Там вы положили репо так, чтобы он был доступен с обеих сторон. Или вы используете Dropbox и получаете доступ к нему из обеих систем. Почему вы не используете Rubymine в Linux? Это только Win / Mac?