Я не знаю Netbeans, но в Eclipse он автоматически устанавливает конфигурацию запуска, которую вы можете легко настроить, указав полное имя пакета и класса, содержащее основной класс.
В конечном счете, любой запуск программы будет эффективным при выполнении командной строки, поэтому я ожидаю, что у netBeans также должен быть способ его настройки. Вам просто нужно найти это и настроить запуск (или настроить новый) для вашей второй программы.