Это не проблема MSMQ.
MSMQ использует стандартное разрешение имен для определения IP-адреса хост-машины.
Например, если вы можете успешно выполнить PING namePrefix.nameSuffix, MSMQ сможет отправлять на него сообщения.
Почему в любом случае у вас есть точка в названии вашей машины?
Я не рекомендовал бы это, кроме как представлять часть имени домена.
Приветствия
Джон Брейквелл