В моей компании мы не передаем Qt в исходный код, мы компилируем его отдельно на машинах сборки и затем связываем с ним в проекте, будь то C ++, Java (Jambi) или Python (PyQt).
На этапе сборки / пакета наши инструменты сборки отмечают зависимости и включают DLL и т. Д. По мере необходимости. Если вам интересно, мы используем CMake от Kitware.
http://www.cmake.org/
Он имеет дополнительное преимущество, будучи кроссплатформенным. В зависимости от размера вашего проекта, рассмотрите дополнительные инструменты CPack, CTest и CDash также от Kitware. (Отказ от ответственности: я не работаю на Kitware, но помогаю программировать проект, который зависит от некоторых продуктов Kitware).
Я также слышал, что некоторые люди добились большого успеха, используя собственный инструмент Qt Qt, который должен поставляться с исходным дистрибутивом Qt.