Я нашел это для проверки всех функций, уже установленных в ядре сервера.
Чтобы установить функции сервера, я использовал класс Process для вызова команды dism.
Process.Start("dism.exe", "/online /enable-feature /featurename:IIS-ISAPIFilter");
С этим я мог создать настраиваемое действие в MSI, которое могло бы проверить и установить функцию сервера.