Опять же, я не знаю, как будет работать ваш HashMultiMap, но в MongoDB вы в основном храните объекты в JSON (расширенный двоичный JSON, технически говоря).
Итак, ваш документ может выглядеть так:
{
key1: [value1, value2, value3, ...],
key2: [value1, value2, value3, ...],
...
}
Если это сработает для вас - отлично.