auto-fill-mode является второстепенным режимом, поэтому (setq auto-fill-mode 1) не запустит его.
Вы можете добавить ловушку для запуска режима автозаполнения с текстовым режимом (с которым он обычно используется) или любым другим режимом, с которым вы обычно используете его, выполнив
(add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-auto-fill)
В качестве альтернативы, если вы хотите включить режим автозаполнения для всех файлов, которые вы редактируете. Вы можете запустить его, когда файл любого типа открыт с помощью:
(setq auto-mode-alist (cons '("*" . auto-fill-mode) auto-mode-alist))
Но его включение иногда раздражает, поэтому лучше связать запуск режима со знакомой последовательностью клавиш
(global-set-key (kbd "C-c q") 'auto-fill-mode)