У меня WCF работает как веб-сайт в IIS6 и IIS7, и они работают нормально. Они в основном работают точно так же, как любой сайт ASP.NET; файлы .svc концептуально аналогичны страницам .aspx в том смысле, что IIS обращается к .NET для их обработки, а все основные компоненты WCF находятся в сборках в \ bin. Веб-сайт назначается пулу приложений, в котором выполняются реальные процессы, как обычный сайт ASP.NET. Я не думаю, что вам нужно подавать «заявку» в IIS.