Можете ли вы дать нам код, который вы используете, или ссылку на сайт, о котором вы говорите? Как ты прячешь полосу прокрутки?
Если это путем изменения свойства стиля переполнения на скрытое, то правильно ли я предположить, что это происходит только при первом показе диалогового окна, а последующие появления диалогового окна не перемещают содержимое обратно в начало? Если это так, я не уверен, что лучший способ предотвратить это, но быстрый взлом состоял бы в том, чтобы заставить ваш javascript присвоить свойству стиля переполнения тега div элемента body значение auto после загрузки.
Добавьте следующее в начало вашего JavaScript:
window.onload = function ()
{
document.getElementById('container').style.overflow = 'auto';
}
где контейнер - это идентификатор элемента div, содержащего код вашего тела.