У меня есть решение с несколькими проектами, во многих проектах установлены пакеты NuGet, в некоторых установлены одинаковые пакеты. Когда я запускаю update-package NuGet проверяет каждый csproj-файл и иногда добавляет некоторые файлы app.config в некоторые проекты.