Я не уверен, какие большие объемы данных вам нужно удалить. Но если это «старые» данные, которые вам нужно периодически удалять, вы можете использовать таблицы MERGE. Вы можете создать таблицу MERGE из любых таблиц MyISAM, имеющих одинаковую структуру.
Например, вы можете создать таблицу для каждого календарного квартала. В конце каждого квартала вы создаете новую пустую таблицу и заново объявляете таблицы, которые составляют таблицу MERGE. Таким образом, таблица MERGE всегда содержит данные прошлых лет. Если ваш код всегда ссылается на таблицу MERGE, вам не нужно ничего менять при «переносе» данных. Переопределение таблиц UNION таблицы MERGE происходит практически мгновенно.
Это всего лишь пример, но вы можете разделить ваши данные так, как вам нравится.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/merge-storage-engine.html