Я знаю, что служба Windows не может взаимодействовать с рабочим столом, но допустимо ли использование объектов Prism (EventAggregator, Unity) в службе Windows?
Призма и Единство - это две разные вещи (хотя часто используются в комбинации):
Unity - это контейнер инверсии управления (IoC), он не обязательно предназначен только для приложений с графическим интерфейсом, поэтому вы можете использовать его в своем сервисе.
Prism предоставляет средства для приложений с графическим интерфейсом, однако вы можете использовать его в своем сервисе, если не беспокоитесь о зависимости от PRISM.