Вы не указываете, что вы пытались с z-index.
Плагин blockUI имеет возможность изменить z-index сообщения, которое он создает ( документация ):
// z-index for the blocking overlay
baseZ: 1000,
jQuery UI Dialog в качестве опции для указания z-index .Его значение по умолчанию равно 1000. Таким образом, вы должны установить большее значение для опции BlockUI, скажем, 2000:
$.blockUI({
theme: true,
baseZ: 2000
})
DEMO