Если имена файлов не меняются, создайте папку (фильтр), которая называется генерируемой, и добавьте эти файлы в эту папку (фильтр). Если они не существуют, VS не будет жаловаться при компиляции, если они существуют, они будут включены в сборку.
Я использую эту схему, когда мне нужно использовать сгенерированные файлы.