Если я вас правильно понял, у вас есть кое-что, что по логике должно происходить в Page_Load, но вы хотите избежать очевидных проблем с дублированием этого кода в каждом случае.
Я бы определил базу страниц дляпроект (в этом есть и другие преимущества), от которого наследуются все кодовые отступы страницы и который сам наследуется от System.Web.UI.Page.Затем сделайте так, чтобы он выполнял требуемую работу до или после Page_Load, в зависимости от ситуации.
В качестве альтернативы, возможно, можно выполнить работу по манипулированию HTML, о которой вы говорите, в фильтре.