Никогда не используйте магические значения в коде, это только причинит вам боль. Попробуйте:
int messagesToDisplay = 100;
folder.getMessages(totalMessages - messagesToDisplay , totalMessages);
Начиная с JavaDoc сообщения идентифицируются массивом на основе 1, а не 0.
Можете ли вы также добавить трассировку стека, пожалуйста.