1. У меня нет большого опыта работы с mod_alias .. но я думаю, что вы делаете неправильно, переписывая в /local/path1/water/
- mod_rewrite переписывает URL, поэтому здесь должен быть и URL.
2. Я предполагаю, что /local/path1/water%{REQUEST_URI}
является правильной конструкцией и ссылается на правильный файл.Но ... вы применяете их (эти 2 условия) только к первому правилу перезаписи ...
3. Как я понимаю, эти правила находятся в контексте конфигурации сервера / VirtualHost, а нев .htaccess.
Взяв все это вместе, вы должны попробовать это вместо:
RewriteEngine on
RewriteCond /local/path1/water%{REQUEST_URI} !-d
RewriteCond /local/path1/water%{REQUEST_URI} !-f
RewriteRule ^/water/css/([^/]+\.css)$ /water/css.php?src=$1 [L,PT]
RewriteCond /local/path1/water%{REQUEST_URI} !-d
RewriteCond /local/path1/water%{REQUEST_URI} !-f
RewriteRule ^/water/js/([^/]+\.js)$ /water/js.php?src=$1 [L,PT]