Неисправность загрузки ргдал в RStudio - PullRequest
Новая
       16

Неисправность загрузки ргдал в RStudio

1 голос
/ 21 октября 2011

Почему rgdal не удается загрузить в RStudio (0.94.110), но не в R (2.13.2)? 

abarbour% R

R version 2.13.2 (2011-09-30)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

[отредактировано для удаления посторонней информации] 

> library(rgdal)
Loading required package: methods
Loading required package: sp
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.8.1, released 2011/07/09
Path to GDAL shared files: /Library/Frameworks/GDAL.framework/Versions/1.8/Resources/gdal
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)

Но в RStudio: 

R version 2.13.2 (2011-09-30)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

[снова отредактировано] 

> library(rgdal)
Loading required package: methods
Loading required package: sp
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/Users/abarbour/kook.processing/R/PACKAGES/rgdal/libs/x86_64/rgdal.so':
  dlopen(/Users/abarbour/kook.processing/R/PACKAGES/rgdal/libs/x86_64/rgdal.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
Error: package/namespace load failed for 'rgdal'

Кто-нибудь знает, почему это происходит? Есть ли какое-то RStudio значение по умолчанию, о котором я не знаю?

Обратите внимание, что rgdal был установлен с помощью следующей команды, уже установив KyngChaos ( GDAL Complete framework ): 

sudo R CMD INSTALL --configure-args='--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/unix/bin/gdal-config --with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/include --with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib' rgdal_0.7-1.tar.gz

1 Ответ

3 голосов
/ 22 октября 2011

Кредит Джоша из RStudio вспомогательного персонала (см. Обсуждение ).

Изнутри RStudio: 

> setRepositories()

[введите "1 2"] 

> install.packages("rgdal")
> library(rgdal)

дает нормальное поведение нагрузки: 

> library(rgdal)
Loading required package: methods
Loading required package: sp
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.8.0, released 2011/01/12
Path to GDAL shared files: /Users/abarbour/kook.processing/R/PACKAGES/rgdal/gdal
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: /Users/abarbour/kook.processing/R/PACKAGES/rgdal/proj
...