Если вы хотите увидеть, как новые документы вписываются в ранее обученную модель темы, то, боюсь, нет простой команды, которую вы можете использовать, чтобы сделать это правильно.
Класс cc.mallet.topics.LDA в исходном коде mallet 2.0.7 предоставляет такую утилиту, попытайтесь понять ее и использовать в своей программе.
P.S., если память мне не изменяет, есть проблема с реализацией функции в этом классе:
public void addDocuments(InstanceList additionalDocuments,
int numIterations, int showTopicsInterval,
int outputModelInterval, String outputModelFilename,
Randoms r)
Вы должны переписать его.