Из справочной страницы vsftpd:
file_open_mode
Разрешения, с которыми создаются загруженные файлы. Umasks применяются поверх этого значения. Вы можете изменить значение на 0777, если хотите, чтобы загруженные файлы были исполняемыми.
По умолчанию: 0666
local_umask
Значение, которое umask для создания файла установлено для локальных пользователей. НОТА! Если вы хотите указать восьмеричные значения, запомните префикс «0», иначе это значение будет считаться целым числом 10!
По умолчанию: 077
Поиграйте с этими двумя ценностями, чтобы достичь желаемого;)