EF напрямую не обрабатывает шифрование. Вы либо включите шифрование на уровне БД, где я думаю, что SQLite в этом отношении несколько не хватает, либо вам придется предварительно зашифровать данные, прежде чем сохранять их в базе данных с помощью EF.
Я бы сказал, что включение шифрования на уровне БД - лучший вариант (также по соображениям производительности), и я знаю, что SQL CE поддерживает его, но не уверен насчет SQLite. Если нет, вы можете легко зашифровать данные перед тем, как поместить данные в базу данных и сохранить их как двоичные данные. Тогда вы можете легко получить байт [] с EF.