Если вы не привержены парадигме наличия 3-х отдельных файлов persistence.xml и выборочного копирования одного или другого, вы можете использовать профили maven с такой фильтрацией (только что это реализовано на днях, и сегодня натолкнулся на ваше сообщение) :
В файле persistence.xml:
<property name="hibernate.show_sql" value="${hibernate.debug}" />
<property name="hibernate.format_sql" value="${hibernate.debug}" />
В pom.xml создайте профиль и определите переменную:
<profiles>
<profile>
<id>hib-debug</id>
<properties>
<hibernate.debug>true</hibernate.debug>
</properties>
</profile>
</profiles>
определить значение по умолчанию для сборки без указания профиля:
<properties>
<hibernate.debug>false</hibernate.debug>
</properties>
и .... убедитесь, что вы включили фильтрацию ресурсов:
<resources>
<resource>
<directory>src/main/resources</directory>
<filtering>true</filtering>
</resource>
</resources>
Затем вы строите с помощью mvn -Phib-debug и вуаля! Замена сделана.