Нет, процесс не начнется с того места, где он ушел. Это начнется снова, если вы специально не скажете ему начать с того места, где он остановился.
т.е. этот php scruot выполняет совершенно бессмысленную задачу добавления одного к числу:
$i = $_GET['i'];
while(true)
print $i++;
Если вы запишите последний номер при остановке сервера, а затем перезапустите сценарий с правильным значением $ _GET ['i'], он начнется с того места, где он остался, но только потому, что вы сделали это. Состояние сценария не сохраняется при перезапуске.
EDIT
Вы также можете сохранить текущее состояние для файловой системы или базы данных, чтобы вам не пришлось вводить его вручную.
РЕДАКТИРОВАТЬ 2
Ох, так ты не хочешь остановить прогресс. Если перезапуск XAMP не остановил его, вам нужно будет дать больше информации о том, что происходит, поскольку перезапуск XAMP должен остановить выполнение всех сценариев PHP.