На самом деле все, что вам нужно сделать, это поместить файл jar в путь к классу и вызвать
Class<TaggingStrategy> c = (Class<TaggingStrategy>)Class.forName("Tagging.MyAlgo");
Если "Tagging.Tag_by_lenght_filename" является правильным именем класса, который вы хотите загрузить, ваша проблема, скорее всего, заключается просто в том, что ваш jar не находится в пути к классу.
Если вы не хотите, чтобы файл jar содержался в вашем пути к классам, вам нужно создать URLClassLoader с URL-адресом, указывающим на файл jar:
URLCLassLoader myCL = new URLClassLoader(new URL[]{new File("path/to/myjar.jar").toURI().toURL()});
Если вы хотите, чтобы ваш код работал в обоих случаях, вам нужно убедиться, что ваш URL указывает на каталог bin в eclipse и указывает на файл jar, если вы хотите использовать скомпилированный файл jar.
Если вам необходимо выяснить, какие файлы классов доступны, вы можете использовать уровень абстракции FileSystem ( FileSystems ), который может создать файловую систему из каталога или файла jar.