Я собираюсь вбросить и ответить на этот старый вопрос, на случай, если кто-то столкнется с той же проблемой.
Я недавно работал над устаревшей программой и получил эту ошибку. Решение не было очевидным.
Issue
Один из упомянутых пакетов NuGet был создан для набора внутренних библиотек и сохранен во внутреннем репозитории NuGet.
Приложения прекрасно скомпилированы на VS2013, поскольку все ссылки NuGet, содержащиеся в файлах проекта, непосредственно на библиотеки.
Когда эти ссылки были изменены на (не поддерживает HintPath), многие из этих пакетов NuGet не были созданы в соответствии с nuspec. Папки lib не было.
Пакеты были переделаны в соответствии со спецификацией, однако в некоторые из них были включены старые библиотеки Silverlight. Эти библиотеки вызывали ошибку.
Решение
После nuspec в папке lib были созданы подпапки: net45 и sl4. .NET4.5 и Silverlight4.0 соответственно.
Когда пакеты были заменены новыми, сборки работали нормально. Независимо от версии файла проекта.
TL; DR
Старая структура nupkg:
Package.1.0.0.nupkg
- Library.Net40.dll
- Library.Sl4.dll
Новая структура nupkg:
Package.1.0.1.nupkg
- lib
- net45
- Library.dll
- sl4.0
- Library.dll