Я думаю, что вы хотите, чтобы это вариант «только онлайн». Если вы выберете эту опцию в свойствах проекта, она все равно будет установлена на компьютере пользователя (как всегда), но не будет отображаться в программах добавления / удаления, и пользователь должен запустить ее по ссылке на веб-сайте - на рабочем столе не будет ярлыков.
Обратите внимание, что setup.exe не является установщиком как таковым. Это бутстраппер. Он проверяет, установлены ли необходимые компоненты, и, если они установлены, запускает приложение ClickOnce. Если это не так, он устанавливает их, и ТО запускает приложение ClickOnce.
Если вы знаете, что предварительные условия установлены, вы можете дать своим пользователям ссылку на сам файл приложения. Это то, что называется просто для выполнения установки ClickOnce.