У меня есть похожий сценарий, где настроить сопоставления где-то еще. Я не передаю конфигурацию, я просто беру сопоставления в целом от разных провайдеров.
Например:
Fluently.Configure()
.Mappings(m => m.AutoMappings.Add(Container.Resolve<IAutoMapProvider>().Get())
public class AutoMapProvider : IAutomapProvider
{
...
public static AutoPersistenceModel Get()
{
return AutoMap
.AssemblyOf<MyObjectBase>(new MyConfiguration())
.IgnoreBase<MyObjectBase>()
.Conventions.Setup(c =>
// ...
}
}