Вам не нужно писать скрипт Python для этого. Из командной строки введите:
grep -c "^class " *.py
и возвращает количество классов в текущем каталоге для каждого файла .py. Боюсь, чтобы узнать, является ли класс верхним классом, вам придется импортировать каждый из них и запрашивать каждый модуль.