Это вызвано фильтрацией CodeIgniter XSS, которая активирована по умолчанию. Это происходит потому, что system () - это команда в PHP для выполнения шелл-кода.
Простой обходной путь (не рекомендуется): отключите его в config.php
$config['global_xss_filtering'] = FALSE;
Лучший обходной путь: отключите его для каждого конкретного случая в вашем контроллере XML-RPC, поэтому в наборе серверной части
$this->config->set_item('global_xss_filtering',FALSE);