EF, по крайней мере в текущей версии, не поддерживает это. Нет механизма для создания базы данных; аналогично, при повторной синхронизации обновляется модель из базы данных.
Возможно, использовать "data dude" (VS2008 Database Edition), чтобы внести изменения в базу данных?