Как сказал @ Божо, очень вероятно утечка кода.Используйте jmap, чтобы увидеть, кто занимает так много места.
jmap -histo:live <tomcat java process id>
Это покажет вам, какие типы объектов занимают сколько памяти в куче, и это даст вам представление о том, какой код искать.*