Я не вижу большого значения для изолированного хранилища, за исключением, возможно, временного кэширования некоторых изображений или кода локально. Поскольку вы получаете только 1 МБ, я не вижу в этом особой ценности даже для этого. Сохранение настроек в изолированном хранилище не имеет большого смысла, поскольку пользователь может получить доступ к вашему приложению silverlight из другого браузера на другом компьютере.
Плюс Настройки имеют больше смысла хранятся на сервере.
Что вы используете IsolatedStorage для того, что я мог пропустить?