Создайте файл local.xml
в директории макета вашей темы и добавьте следующий блок:
<default>
<reference name="head">
<action method="addJs">
<script>app.js</script>
</action>
</reference>
</default>
Еще один распространенный связанный запрос - разрешить условное отключение JS.Magento также поддерживает это:
<default>
<reference name="head">
<action method="addJs" ifconfig="yourmodule/someconfig/boolfield">
<script>app.js</script>
</action>
</reference>
</default>
Надеюсь, это поможет!
Спасибо, Джо