Пользовательский конфигурационный файл IMO.Это облегчит вашу жизнь, когда вы решите перейти на новую основную версию CI, поскольку вы сможете перезаписать config.php без потери критических констант приложения.
для всего приложения config.php всегда загружен, поэтому все, что вы в него вставите, будет доступно глобально, тогда как пользовательские файлы конфигурации могут быть загружены по требованию, что экономит ресурсы и обеспечивает лучшее разделение обязанностей кода. Пример: загрузка файла конфигурации по требованию:
$this->config->load('filename');