Ну, вы не хотите использовать ресурсы в стиле resx: вы просто помещаете файл ico в свой проект в папку (скажем, «ArtWork») и в свойствах задаете для параметра «Действие сборки» значение «Ресурсы». ..
Затем вы можете ссылаться на него в XAML, используя PACK URIs ... "pack: // application: ,,, / Artwork / Notify.ico"
См. Здесь: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa970069.aspx и образец
Если вы хотите быть немного более ... похожим на WPF, вам следует взглянуть на проект WPF Contrib на CodePlex, который имеет элемент управления NotifyIcon, который вы можете создать в XAML и который использует стандартные Меню WPF (чтобы вы могли вставить в меню «что угодно»).