Похоже, вы используете постоянные подключения к базе данных. С этим, соединение от mysql <-> php сохраняется, независимо от того, подключен клиент на самом деле или нет. Это позволяет запросам продолжать работать и сохранять любые переменные, блокировки, временные таблицы и т. Д., Чтобы оставаться в живых и склеивать работы.
Отключите постоянные соединения, и ваши «застрявшие» запросы умрут, когда клиент отключится, а потом PHP очистится.